Dans la première partie, une force surnaturelle chevauche dans Beacon Hills, s'appelant la Wild Hunt (la Chasse Sauvage) croise la route de la meute de Scott alors que pendant ce temps-là, un loup-garou alpha nazi, s'étant échappé de la capsule des « Médecins de l'horreur » fait des ravages dans Beacon Hills. Mais ce qui s'annonçait comme …
Scott et sa meute entrent en terminale. Avec surprise, Scott et Stiles voient réapparaître Theo, un ancien camarade et doutent de pouvoir lui faire confiance. La meute doit affronter « Les Médecins de l'Horreur », trois hommes mystérieux qui effectuent des expériences génétiques pour combiner plusieurs espèces de créatures surnaturelles en une seule personne. Cependant, personne ne …
Encore en train de récupérer de leurs pertes tragiques, Scott, Stiles, Lydia et Kira reviennent pour un nouveau trimestre à l'école avec des soucis plus humains que surnaturels, tout en essayant d'aider leur nouvelle amie Malia à se réinsérer dans la société. Mais la résurrection surprenante de Kate Argent et l'émergence d'un autre ennemi mystérieux …
Dans la première partie de la saison, une meute d’Alphas arrive à Beacon Hills. Scott et Derek vont devoir les combattre pour sauver leurs vies et celles de leurs amis. En parallèle, de nombreux assassinats sont commis à la manière de ce qui ressemble à des sacrifices humains. Dans la deuxième partie, des démons …